Grutas los Herrera.
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Estas grutas de estalactitas, estalagmitas y columnas formando figuras caprichosas fueron descubiertas por Don Benito Herrera, propietario original del predio en el que se encuentran, pero fueron investigadas por primera vez en 1978, cuando los espeleólogos norteamericanos Roy Jameson y Paty Mottes las recorrieron en su totalidad. Son las únicas grutas acondicionadas para el turismo en el estado de Querétaro. Las curiosas formaciones pétreas reciben nombres en alusión a sus parecidos, como El Cocodrilo, El León, El Imperio Romano y otros. Las Grutas de Los Herrera se formaron hace más de 150 millones de años, cuando el territorio en el que se encuentran estaba debajo del mar.
Zona Arqueologica de Ranas.
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A unos 3 Km. de San Joaquín se encuentra este sitio arqueológico, formado principalmente por plazas, templos y tres canchas para el juego de pelota. Fue un importante asentamiento político, económico y religioso que se piensa tuvo su apogeo entre los siglos VII y XI. Se cree que Ranas y Toluquilla fueron ciudades prehispánicas que controlaron las rutas comerciales en esa zona de la Sierra Gorda, especialmente por el valioso cinabrio. El bermellón, cinabarita o cinabrio, es un sulfuro de mercurio que se utilizaba para preservar huesos humanos y en pintura rupestre. Desde las cimas en las que se encuentra la zona arqueológica hay espectaculares vistas de los alrededores.
Mirador la Crucita.
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Mirador La Crucita. Se encuentra en uno de los puntos más altos de la cabecera municipal. Desde ahí se puede contemplar una increíble vista del pueblo. Es en este sitio en donde se lleva a cabo la representación del viacrucis en Semana Santa.
Cascadas de Maravillas.
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Cascadas Maravillas. Se encuentran en la comunidad de Maravillas y se tiene que caminar aproximadamente 30 minutos por un sendero en medio del bosque para llegar a la primera cascada de 30 metros de alto; después se puede encontrar otra cascada de 15 metros que termina en una poza y que se dispersa en cascadas pequeñas. La última cascada es de 5 metros y termina en una poza donde se puede nadar. Las Maravillas se encuentran a 13 km de San Joaquín.
Campo alegre.
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Este acogedor y hermoso parque está ubicado en el municipio de San Joaquín, al oeste de la cabecera. Está dotado de palapas, agua potable, servicios sanitarios y asadores, en medio del verdor y de un agradable clima fresco, siendo ideal para pasar una jornada en familia o entre amigos. En San Joaquín ya se ha hecho una tradición que el tercer fin de semana de agosto se realiza en Campo Alegre un monumental picnic, en el que se congregan hasta 10.000 personas. Los participantes estrechan y forjan lazos de amistad, mientras degustan la deliciosa comida queretana y disfrutan de las instalaciones del parque. El picnic tiene fama de ser el más grande de Latinoamérica.